Cambiaste tu checkout a una pasarela de pago externa —PayPal, Authorize.net, un procesador regional que te recomendó tu banco— porque la tasa de tarjeta parecía mejor que la de Shopify Payments. Luego llegó la factura de Shopify y ahí estaba: una línea etiquetada como "comisiones por transacción" por el 2 por ciento de cada pedido que procesaste a través de esa pasarela. En el plan Basic, esa comisión se aplica al valor total del pedido —productos después de descuentos, más impuestos, más envío— y Shopify la factura por separado, días o semanas después de la venta. Si registras los desembolsos de tu pasarela como ingresos y archivas la factura de Shopify bajo "suscripciones", tus ingresos quedan subestimados, tus costos de procesamiento son invisibles y tu margen bruto es un número que inventaste.
Este artículo explica qué es la comisión por transacciones de terceros, por qué rompe los hábitos de conciliación que funcionan bien para los vendedores que usan Shopify Payments, y cómo registrarla para que tus márgenes digan la verdad.
Qué es la comisión y cuándo se aplica
Cuando aceptas pagos a través de un proveedor externo en lugar de Shopify Payments, Shopify cobra una comisión por transacción por proporcionar el checkout y la integración. La tasa depende de tu plan. Con las tarifas publicadas actuales en EE. UU., es del 2 por ciento en Basic, 1 por ciento en Grow, 0,6 por ciento en Advanced y 0,2 por ciento en Plus. Se suma a lo que te cobre tu pasarela: el 2,9 por ciento más 30 centavos de tu pasarela no desaparece solo porque Shopify añada su propia parte.
Shopify calcula la comisión sobre cada período de 30 días con esta fórmula:
[(costo de los productos - descuentos) + impuestos + cargos de envío] x tasa
Tres detalles de esa fórmula sorprenden a los vendedores. Primero, la base incluye impuestos y envío, no solo el subtotal de la mercancía. Un pedido de $100 con $8 de impuestos y $12 de envío tiene una base de $120, así que la comisión del plan Basic es de $2,40, no de $2,00. Segundo, los reembolsos no devuelven la comisión en países donde Shopify Payments está disponible: reembolsa el pedido y te comes el 2 por ciento. Tercero, para las tiendas creadas el 12 de mayo de 2025 o después, los pedidos pagados parcial o totalmente con crédito de tienda o tarjetas de regalo atraen la comisión sobre la porción pagada con crédito de tienda o tarjeta de regalo, incluso si el resto del pedido se procesa a través de Shopify Payments.
También hay exenciones que vale la pena conocer. Los pedidos a través de Shopify Payments, Shop Pay, Shop Pay Installments y métodos manuales como pago contra reembolso o transferencia bancaria no llevan comisión de terceros. Los pedidos de POS están exentos. Y si usas Shopify Payments como tu proveedor principal, las transacciones de PayPal están exentas de la comisión —una excepción útil si la mayor parte de tu volumen pasa por Shop Pay o tarjetas y solo algunos clientes pagan con PayPal.
Por qué rompe tu conciliación
Los vendedores que usan Shopify Payments desarrollan un hábito: emparejar cada desembolso con el depósito bancario. Shopify deduce su comisión de procesamiento antes de pagar, así que el depósito es neto y el informe de desembolsos muestra el cálculo de bruto a neto en un solo lugar. Ese hábito falla silenciosamente en el momento en que entra en escena una pasarela externa, porque ahora el dinero se mueve por dos canales que nunca se encuentran.
El canal uno es tu pasarela. PayPal o tu procesador liquida los fondos de cada pedido directamente a ti —en tu saldo de PayPal o en tu cuenta bancaria— menos la comisión de procesamiento de la propia pasarela. Shopify nunca toca este dinero, y el informe de desembolsos de Shopify no lo incluye. La propia guía contable de Shopify señala que su informe de conciliación de desembolsos cubre la actividad de Shopify Payments y excluye tanto a los procesadores externos como a las comisiones de facturación de Shopify.
El canal dos es tu factura de Shopify. El 2 por ciento se acumula durante el mes y llega a tu factura de Shopify como una suma global que cubre un rango de fechas, no desglosada por pedido. Si las comisiones acumuladas más otros cargos pendientes superan tu umbral de facturación a mitad del ciclo, Shopify cobra a tu tarjeta registrada antes de tiempo; de lo contrario, el total llega en tu factura regular de 30 días. De cualquier manera, la comisión llega más tarde que la venta, en un documento distinto al de la liquidación, sin desglose por pedido.
Se derivan dos modos de fallo. El común: registras cada depósito de la pasarela como ingreso. Tus libros muestran entonces ingresos netos de la comisión de la pasarela, el 2 por ciento de Shopify nunca aparece como un costo en absoluto, y al final del año tus ingresos reportados no coinciden ni con tu 1099-K ni con tus registros de pedidos. El más sutil: registras correctamente los ingresos brutos pero tiras toda la factura de Shopify —suscripción más comisiones por transacción— en una sola cuenta de "suscripción de Shopify" o "cargos bancarios". La cuenta de pérdidas y ganancias sigue cuadrando, pero tus costos de procesamiento quedan enterrados donde ningún análisis de márgenes los encontrará, y escalan de forma invisible con el volumen.
Dónde va la comisión en tu catálogo de cuentas
Dale a las comisiones de procesamiento su propio hogar: una cuenta de costo directo dedicada como "Comisiones de procesamiento de pagos" o "Comisiones de cuenta de comerciante", ubicada junto a tus otros costos de venta en lugar de abajo en gastos generales. Ambas mitades del costo —la comisión de la pasarela y el 2 por ciento de Shopify— van en ella. Cuando las comisiones de cada pedido se acumulan en una sola cuenta, tu costo real por pedido es una única consulta, y comparar pasarelas o planes se convierte en aritmética en lugar de arqueología.
Estrictamente hablando, los contadores no se ponen de acuerdo sobre la etiqueta. Según la presentación tradicional bajo GAAP, las comisiones de comerciante son gastos de venta —parte de los gastos de venta, generales y administrativos (SG&A)— porque son costos de transar, no costos de los bienes en sí, y nunca se capitalizan en el inventario. Muchos contadores de ecommerce, no obstante, las agrupan con el costo de los bienes vendidos para informes de gestión, con la lógica de que la comisión es un costo directo e inevitable de cada venta que desaparece cuando no se vende nada. Cualquiera de las dos presentaciones es defendible para un vendedor pequeño, y la elección no cambia nada en tu declaración de impuestos: el monto completo es deducible en el año en que lo pagas de cualquier forma.
Lo que importa no es la etiqueta sino la ubicación y la consistencia. Pon la cuenta por encima de la línea de gastos operativos para que salga antes de tu margen bruto o de contribución, mantén en ella cada comisión de pasarela y plataforma, y no reclasifiques a mitad de año. Una cuenta de "cargos bancarios" que mezcla $12 de comisiones mensuales de cuenta con $400 de comisiones de procesamiento impulsadas por volumen no te dice nada sobre ninguna de las dos. Y elijas lo que elijas, mantén la suscripción de Shopify por separado: una tarifa fija mensual del plan no se comporta en nada como un porcentaje por pedido, y mezclarlas oculta ambas historias.
Los asientos contables: un pedido de $1.000 en el plan Basic
Supón que un cliente hace un pedido de $1.000 —$900 de productos después de descuentos, $40 de impuestos, $60 de envío— pagado a través de tu pasarela externa. La pasarela liquida $970,20 a tu saldo de PayPal, reteniendo una comisión de procesamiento de $29,80. El 2 por ciento de Shopify se aplica a la base completa de $1.000, así que $20 se acumulan en tu factura de Shopify, que también incluye tu suscripción mensual Basic de $29. Aquí está el ciclo completo en un libro de texto plano:
2026-01-01 open Assets:Cash:Operating USD
2026-01-01 open Assets:Cash:PayPal USD
2026-01-01 open Assets:Receivable:Shopify USD
2026-01-01 open Expenses:CostOfSales:Payment-Processing USD
2026-01-01 open Expenses:Subscriptions:Shopify USD
2026-01-01 open Income:Sales:Shopify USD
2026-01-05 * "Shopify order 1042" "1000.00 sale via third-party gateway"
Assets:Receivable:Shopify 1000.00 USD
Income:Sales:Shopify -1000.00 USD
2026-01-06 * "PayPal" "Gateway settlement, 970.20 net of 29.80 gateway fee"
Assets:Cash:PayPal 970.20 USD
Expenses:CostOfSales:Payment-Processing 29.80 USD
Assets:Receivable:Shopify -1000.00 USD
2026-01-31 * "Shopify" "January bill, 29.00 subscription plus 20.00 third-party fee"
Expenses:Subscriptions:Shopify 29.00 USD
Expenses:CostOfSales:Payment-Processing 20.00 USD
Assets:Cash:Operating -49.00 USDRecorre lo que sucedió. La venta se registra por los $1.000 completos que pagó el cliente: esos son tus ingresos, y coinciden con tus registros de pedidos y tu 1099-K. La liquidación de la pasarela cancela la cuenta por cobrar y debita la comisión de $29,80 de la pasarela a procesamiento de pagos. La factura de Shopify se divide en dos: los $29 de suscripción a suscripciones, los $20 de comisión de terceros a procesamiento de pagos. El costo total de procesamiento del pedido es de $49,80, visible en una sola cuenta, y los ingresos no se ven afectados por nada de ello.
Si llevas tus libros en Beancount, la documentación cubre la configuración de cuentas y las aserciones de saldo con más profundidad; el patrón anterior —ingresos brutos al momento de la venta, cada comisión debitada a su propia cuenta de costo cuando se liquida o se factura— es toda la técnica.
Tu lista de verificación de conciliación de fin de mes
Como la comisión llega como una suma global en un documento separado, conciliarla es una tarea mensual deliberada, no algo que hace tu feed bancario por ti. Sigue estos cinco pasos en cada cierre:
1. Extrae el total de comisiones de la factura de Shopify. En tu administrador de Shopify, abre Configuración, luego Facturación, y abre la factura del período. La sección de comisiones por transacción muestra el total de los pedidos en su rango de fechas. Registra ese total: es el número con el que todo lo demás debe cuadrar.
2. Recalcúlalo a partir de tus pedidos. Filtra tus pedidos por pasarela de pago para aislar el volumen que no es de Shopify Payments para el mismo rango de fechas, luego aplica la fórmula: mercancía después de descuentos, más impuestos, más envío, por la tasa de tu plan. Tu recálculo debería coincidir con la factura dentro del redondeo. Si no coincide, busca pedidos con tarjeta de regalo o crédito de tienda (que llevan comisión en tiendas más nuevas) y reembolsos (comisión no devuelta).
3. Vincula cada liquidación de pasarela con el bruto. Para cada depósito de PayPal o del procesador, confirma que los libros muestran el valor bruto del pedido como ingreso y la comisión de la propia pasarela como un costo de procesamiento, nunca el depósito neto como ingreso. Los depósitos no emparejados al final del mes son o cuestión de timing (liquidados pero aún no retirados) o errores; en cualquier caso, lístalos.
4. Divide la factura de Shopify cada vez. Suscripción a suscripciones, comisiones por transacción a procesamiento de pagos, cargos de apps a software. Una factura, tres destinos, cada mes. Si tu software de contabilidad te permite memorizar la división, memorízala.
5. Ajusta reembolsos y contracargos en el período correcto. La pasarela suele devolver su comisión o debitar el reembolso a través de una liquidación posterior; Shopify conserva su 2 por ciento. Registra el reembolso contra los ingresos en el período en que ocurre, mantén la comisión de Shopify perdida en costos de procesamiento, y no dejes que ninguno de los dos se filtre al mes en que se registró la venta original.
La cuestión del punto de equilibrio: ¿deberías simplemente usar Shopify Payments?
El 2 por ciento es evitable: los pedidos a través de Shopify Payments no llevan comisión de terceros. Si cambiar ahorra dinero es una comparación de dos totales, no de dos tasas. Suma todo lo que cuesta la ruta de terceros: el porcentaje y la comisión por transacción de la pasarela, más el 2 por ciento de Shopify sobre la base que incluye impuestos y envío. Compara eso con la tasa de tarjeta de Shopify Payments en tu plan, típicamente 2,9 por ciento más 30 centavos en Basic. Con $10.000 al mes en volumen de terceros, solo la comisión de Shopify es de $200, antes de que tu pasarela te cobre nada.
Haz esa comparación con tu propio volumen antes de concluir que la pasarela con la tasa nominal más baja es más barata. Una pasarela que cotiza 2,7 por ciento parece una victoria frente a 2,9 por ciento hasta que el 2 por ciento de Shopify la convierte en 4,7 por ciento. Puede haber aún buenas razones para quedarse: una pasarela en la que confían tus clientes internacionales, una relación con un procesador de la que depende tu negocio, un país donde Shopify Payments no está disponible. Solo hazlo una decisión con precio, con ambas comisiones en la misma página, en lugar de una sorpresa que descubres factura a factura.
Y si te quedas, la disciplina anterior es lo que mantiene honesta la comisión: ingresos brutos en la parte superior del estado de resultados, cada comisión de procesamiento en su propia cuenta de costo de venta, y un cuadre mensual entre tu recálculo y la factura de Shopify. El 2 por ciento que puedes ver y medir es un costo que puedes gestionar. El que está enterrado en cargos bancarios es una fuga de margen sin nombre.
